学院下设食品科学与工程系、食品营养与安全系、食品发酵与生物工程系。现有食品科学与工程博士后科研流动站1个；食品科学与工程一级学科博士学位授权点1个、食品营养与卫生学等二级学科博士学位授权点9个；一级学科学术型硕士学位授权点1个、二级学科学术型硕士学位授权点6个、专业学位硕士学位授权点3个，此外，还拥有高校教师在职攻读硕士学位授予权和在职人员以同等学力申请硕士学位授予权；现开设食品科学与工程、食品质量与安全、生物工程3个本科专业。食品科学与工程为国家级特色专业和省级品牌专业，列入教育部首批“卓越计划”；食品科学为国家重点学科（全校总共有2个国家重点学科），也是南昌大学“211”工程国家重点建设学科和江西省“十二五”重点学科。

2017年12月28日，教育部学位与研究生教育发展中心公布全国第四轮学科评估结果，南昌大学食品科学与工程学科（0832）排名全国第三，是江西省唯一获评A级的学科，排名比上一轮学科评估的名次又前进了一位，成为江西省高校学科排名首个进入全国前三的学科。

2019年5月，我校的农业科学学科（以食品学科为主）进入了ESI全球排名前1.89‰，是我校首个了ESI全球排名进入前2‰的学科；2019年3月《美国新闻与世界报道》 （《U.S.News & World Report 》）发布的“US News 全球大学排名”（US News Best Global Universities）中，南昌大学农业科学学科（以食品为主）位居全球第41位; 在《2014中国大学研究生教育评价报告》中，我院食品科学与工程学科被评为“五星学科”，成为2014年江西省唯一的“中国一流研究生学科”。 在全省乃至全国都有着良好的知名度、社会影响力、美誉度和较强的竞争力。